De wetenschappelijke vorming door middel van colleges, werkcolleges, zelfstudie, examens, werkstukken en eindscriptie neemt de meeste tijd in beslag.

Het eerste jaar is een introductiejaar, waarin de seminarist een eerste kennis maakt met het christelijke geloof, de Bijbel, de liturgie, het spirituele leven, de filosofie, de belangrijkste documenten van de Kerk. Soms moet gedurende dit jaar de vooropleiding nog aangevuld worden: Latijn, Grieks, Nederlands en geschiedenis. 

In het tweede en derde jaar ligt het hoofdaccent op de ‘filosofie’, op het nadenken over de grote vragen van het leven, die de mens zich vanaf het begin heeft gesteld. Geschiedenis van de filosofie, logica en kenleer, kosmologie, metafysica, antropologie en ethiek zijn in deze jaren de belangrijkste vakken, naast enkele meer theologische vakken.

In het vierde, vijfde en zesde jaar ligt het hoofdaccent op de ‘theologie’: fundamentele theologie, exegese, christologie, ecclesiologie, scheppingsleer, triniteitsleer, sacramententheologie, kerkgeschiedenis, liturgie, moraaltheologie en kerkelijk recht. Daarnaast worden sociologie, psychologie en pedagogiek gedoceerd, verder pastorale vakken als pastoraaltheologie, catechetiek, homiletiek en gespreksvoering. 

Aan het begin van het zevende jaar volgt de diakenwijding en wordt de priesterstudent uitgezonden om in een parochie als diaken te gaan werken. Gedurende dat zevende jaar is hij vooral in de praktijk werkzaam. Voor de verdere praktisch-pastorale vorming en begeleiding komt hij enkele dagen terug naar het seminarie. Op het einde van het zevende jaar volgt de priesterwijding. 

De colleges en werkcolleges worden meestal in de ochtend gegeven, van maandag tot vrijdag. In de namiddag en de avond is er tijd voor studie en stage. Van vrijdagavond tot zondagavond bestaat er gelegenheid om naar huis te gaan.